داستان انیمیشن‌ نیز برگرفته از کتابی به همین نام اثر نیل گیمن می‌باشد و درباره دختر یازده ساله‌ای به نام کورالاین جونز است که به همراه پدر و مادرش زندگی آرام خود را رها می‌کنند و به یک خانهٔ عجیب، دورافتاده و قدیمی در شهری دیگر می‌روند. کورالاین از اینکه دیگر دوستانش را نمی‌بیند و پدر و مادرش به او توجه نمی‌کنند ناراحت است. او یک شب در کوچکی را در خانه‌شان پیدا می‌کند و از آن وارد دنیایی سحرآمیز و رنگارنگ می‌شود و آنجا پدر و مادری مهربان تر پیدا می‌کند. همه چیز خوب پیش می‌رود تا وقتی که …