در انیمیشن مامور علی سرزمینی به نام سایبریا وجود دارد که با کشف یک عنصر جدید با نام آزوریوم به پیش رفت چشم گیری دست یافته است و مقامات آن با استفاده از آن عنصر توانستند سر زمینی پر از تکنولوژی های عجیب و غیر قابل تصوری بسازند و همین امر سبب شده زندگی بدون آزوریوم در سایبریا غیرممکن شود. انیمیشن مامور علی از یک حمله توسط بیگانگان در سایبریا شروع می‌ شود که توسط یک گروه حرفه ای و متخصص به نام ماتا که یکی از اعضای آن مامور علی می‌ باشد خنثی می‌ شود. این گروه حرفه ای، گروهی از جاسوسان و محافظان سایبریا در برابر تهدید ها و خطر های مختلف بوده که شامل دو کودک با نام علی و عالیشا و تعداد زیادی بزرگ سال می باشد و توسط یک ژنرال اداره می شود. سپس انیمیشن به زندگی شخصی علی می پردازد؛ مامورعلی همراه با پدرش در یک خانه زیبا در سایبریا زندگی می‌ کنند؛ پدرش به علت مشغله کاری فراوان نمی تواند وقت زیادی برای علی بگذارد. یک روز که علی در حال تمیز کردن انبار خانه می باشد، متوجه جعبه ای که در آن وسیله های مادرش که در گذشته فوت شده، می شود؛ بعد از باز کردن جعبه یاد خاطرات کودکی می افتد و به یک جعبه موسیقی که در زمان کودکی اش با صدای آن جعبه آرام می گرفت بر می خورد، سپس یک فلش مموری داخل آن جعبه می یابد که بعد از متصل کردن آن به تبلت نمی تواند به اطلاعات آن دسترسی بیابد در نتیجه می فهمد، مادرش در گذشته راز هایی مبهم، در رابطه با آن فلش داشته است. ادامه داستان حول محور یک ماموریت دیگر می باشد که در آن علی، خانمی را با نام نیکی می‌ بیند که ظاهر گوشواره آن شبیه به عکس روی فلش مادرش بوده بنابراین آن زن را دنبال کرده و متوجه می‌ شود که آن زن، دوست مادرش بوده است و در گذشته مادرش به او کمک بزرگی کرده و گروهی مخفی برای کمک به محله های فقیر نشین که به دلیل کمبود آزوریوم در حال نابودی هستند، تشکیل داده‌ اند. در ادامه داستان انیمیشن مامور علی با انجام چند ماموریت توسط گروه ماتا متوجه می‌ شوند که یکی از مقامات سایبریا متخلف بوده و اقدام به جمع‌ آوری مقدار زیادی آزوریوم کرده و در همین حوالی علی طی اتفاقاتی تصمیم می‌ گیرد که به گروه مادرش بپیوندد و به آن ها کمک کند؛ سپس علی و دوستان مادرش با دزدیدن آزوریوم ها به محله های فقیر نشین کمک می کند و پس از مدتی گروه ماتا توسط عالیشا متوجه خیانت علی می شوند. سپس طی اتفاقات و درگیری هایی بین ماتا، نیکی و گروهش، علی متوجه می‌ شود که نیکی تبدیل به یک تبهکار شده است که مردم سایبریا برای او اهمیتی ندارند و در گذشته مادرش در مقابل او ایستاده است؛ همچنین علی می فهمد که مادرش عضوی از ماتا بوده است. علی متوجه اشتباه بزرگش شده و دوباره به گروه ماتا و دوستان قدیمی اش می پیوندد و یک مبارزه سخت را با نیکی و گروهش را شروع می کند؛ در طی این مبارزه علی آسیب دیده و به دلیل آن آسیب مادرش را در یک فضای تخیلی می بیند و با او صحبت می‌ کند، سپس بعد از به هوش آمدن قدرتش چند برابر از قبل شده و با یک مبارزه حرفه ای موفق به شکست نیکی می شود و دوباره آرامش را به سایبریا باز می گرداند. در انتهای انیمیشن مامور علی، گروه ماتا بعد از تحقیق و بررسی های فراوان تصمیم می گیرند که علی را عضو و مامور ویژه خود کنند، پدرش نیز به محله های فقیر نشین سایبریا کمک فراوان می‌ کند تا به آرامش و رفاه کامل برسند و انیمیشن ماور علی این گونه به پایان می‌ رسد..