قهرمانان انیمیشن کواتی یک کواتی (راکون) به نام «ناچی»، یک قورباغه به نام «پاکو» و یک پروانه به نام «کوچی» هستند. داستان به این صورت است که جنگلی که فیلم در آن اتفاق می‌افتد دائما مورد زمین لرزه قرار می‌گیرد. جنگل یک رهبر دانا و شجاع دارد به نام «بالام» که یک پلنگ سیاه رنگ است و در جریان یکی از زمین لرزه‌ها کشته می‌شود. یک مار بدجنس و البته زیبا به نام زینا سعی دارد اهالی جنگل را به جنوب کوچ دهد و خود بر آن‌ها سلطه داشته باشد. در واقع انیمیشن کواتی داستانی است در یک جنگل بارانی پنهان در آمریکای جنوبی و در کشور مکزیک اتفاق می‌افتد. این انیمیشن داستان سه دوست ماجراجو و مبارز را روایت می‌کند که برای نجات جنگل خود به نام «سرزمین خو» سفری را آغاز می‌کنند و در طول مسیر متوجه می‌شوند که هر کسی، از جمله خودشان، می‌توانند قهرمان این مبارزه باشند. نحوه روایت داستان در سرزمین خو به گونه‌ای است که واقعیت و تخیل در کنار هم قرار می‌گیرند. در واقع می‌توان گفت این جنگل مکانی است که نیروهای واقعی طبیعت با نیروهای جادویی در هم می‌آمیزند. در میان ساکنان جنگل شخصیتی تنها و یتیم به نام ناچی وجود دارد. ناچی در واقع حیوانی به نام کواتی (coati) است که نوعی حیوان شبیه به راکون است و بومی جنگل‌های آمریکای جنوبی است و علت نامگذاری داستان هم همین است. ناچی به عنوان یک عضو یتیم و بی‌کس در جنگل یاد گرفته که به تنهایی زندگی کند و از خودش مراقبت کند. او به هوش و ذکاوت خود افتخار می‌کند و تصور هم می‌کند به کسی نیاز ندارد. شخصیت‌های دیگر داستان عبارتند از آمایا و بالام که یک پلنگ سیاه دانا است. آمایا ناچی را طوری دوست دارد که انگار پسر خودش است و  به علت تنهایی یتیم بودن ناچی به او محبت زیادی دارد. بالام نیز با ناچی مانند شاگرد خود رفتار می‌کند و به او آموزش می‌دهد که رهبر بودن واقعا به چه معنا است. وقتی داستان انیمیشن کواتی شروع می‌شود جنگل و تمام ساکنان آن توسط یک سری زمین لرزه‌های شدید تهدید می‌شوند. بالام دوستان خود و اعضای مهم جنگل را جمع می‌کند و جلسه‌ای ترتیب می‌دهد تا بهترین راه را برای حل این مشکل پیدا کنند. در جلسه یک مار باهوش و جذاب به نام زینا نیز وجود دارد. وقتی کوکوپا که یکی از اعضای جنگل است به آن‌ها پیشنهاد می‌کند که بمانند و از سرزمینشان محافظت کنند، زینا به بالام توصیه می‌کند که آرام باشد و به بقیه نیز توصیه می‌کند که به جنوب مهاجرت کنند و سعی می‌کند او و دیگران را متقاعد کند که سرزمین خو دیگر در امان نیست و نباید در آن زندگی کرد. اما در حقیقت، او تشنه قدرت است و فقط از این بحران به نفع خود استفاده می‌کند و سرزمین جدیدی را می‌خواهد که بتواند بر آن حکومت کند. اما نه به عنوان یک رهبر خردمند و دلسوز، بلکه به عنوان یک ملکه قدرتمند و زورگو. در اصل زینا بیشتر از زلزله می‌تواند برای آینده جنگل خطرناک باشد. متاسفانه، قبل از اینکه تصمیمی گرفته شود، زلزله مهیبی دیگری از راه می‌رسد. و بالام که در تلاش برای نجات جان دیگران بود، کشته می‌شود و همه به خصوص ناچی تنها و بدون رهبر باقی می‌مانند. زینا به سرعت قدرت را به دست می‌گیرد و از جذابیت فریبنده خود استفاده می‌کند تا ساکنان جنگل را متقاعد کند که آنجا را ترک کنند و او را به سمت سرزمینی جدید در جنوب همراهی کنند. ناچی که قهرمان انیمیشن کواتی است فریب جذابیت او را نمی‌خورد و می‌داند که نمی‌توان به او اعتماد کرد. بنابراین تصمیم می‌گیرد از کوکوپا راهنمایی بخواهد؛ زیرا می‌داند که این همان کاری است که روح بالام از او می‌خواهد. اما کوکوپا به ناچی می‌گوید که باید برای یافتن پاسخ‌هایی که به دنبالش است به سفری برود و پاسخ حل مشکلات جنگل را پیدا کند. اما بسیاری از ساکنان جنگل زینا را به سوی سرزمینی جدید دنبال می‌کنند. ناچی توصیه‌های کوکوپا را قبول می‌کند و به دنبال پاسخ سوالات خود می‌رود. بر خلاف اینکه ناچی می‌خواهد این سفر را به تنهایی انجام دهد، در همان آغاز یک قورباغه شجاع و جسور به نام «پاکو» خود را رفیق سفر او می‌کند. پاکو غالبا نمی‌تواند احساسات خود را پنهان کند و این در ابتدا ناچی را بسیار اذیت می‌کند. اما در نهایت، این روحیه احساساتی پاکو است که به ناچی کمک می‌کند با دیگران بهتر رفتار کند. یکی دیگر از همراهان ناخواسته او پروانه‌ای به نام کوچی است، پروانه‌ای که بسیار شجاع و نترس است. حضور این پروانه در بسیاری از مراحل این ماجراجویی به آن‌ها کمک می‌کند. این سه نفر در نهایت با هم علت زمین لرزه‌ها را کشف می‌کنند و برای آن راه حلی پیدا می‌کنند. آن‌ها حیوانات جنگل را آگاه می‌کنند و حیله مار را خنثی می‌کنند. این سه قهرمان با دیگر حیوانات متحد می‌شوند و جنگل را قویتر از قبل بازسازی می‌کنند. انیمیشن کواتی درس بزرگی درباره بزرگ دیدن توانایی‌ها به مخاطب می‌دهد زیرا هر کسی حتی یک راکون کوچک و تنها، یک قورباغه و یک پروانه می‌توانند قهرمان داستان خود و دیگران باشد.